"Kyle XY" jest opowieścią o tajemnicy, ale również o miłości, którą obdarzamy najbliższych.

Pewien chłopiec budzi się nagi i sam jak palec w lesie. Oblany jest dziwnym, gęstym płynem. Gdy nastolatek dochodzi do miasta, zatrzymuje go policja i odwozi do ośrodka dla młodzieży. Tam przychodzi do niego pani psycholog. Gdy dowiaduje się, że nie ma pępka, nie umie mówić i nic nie pamięta ze swojego wcześniejszego życia, postanawia poobserwować go trochę dłużej i zabiera do swojego domu. Początkowo domownicy nie zgadzają się na to, ale z dnia na dzień odrywają, że Kyle, bo tak dali mu na imię, potrafi być świetnym przyjacielem. Chłopak poznaje coraz to nowe zachowania, uczucia, zaczynając od wrogości, a kończąc na miłości. W między czasie wokół Kyle'a mnożą się tajemnice...