Kyoto na 1 dzień za mało. Z drugiej strony masz na cały dzień Narę która jest niedaleko, a tam wystarczy spędzić kilka godzin. Reszta to raczej kwestia preferencji. Ja bym wolał dłużej w Tokyo posiedzieć bo to miasto wciąga, ale rozumiem że chcesz pass wykorzystać.